Puskesmas Kecamatan Makasar berdiri tahun 1990 yang merupakan pecahan dari Puskesmas Kecamatan Kramat Jati, berlokasi di Jl. Mesjid Al Munir Kelurahan Makasar Kecamatan Makasar Kotamadya Jakarta Timur. Kemudian pada Tahun 1995 hingga sekarang, Puskesmas Kecamatan Makasar pindah lokasi ke Jl Pusdiklat Depnaker No 4. Sampai saat ini Puskesmas Kecamatan Makasar sudah mengalami 1 kali renovasi yaitu tahun 2004.
Puskesmas Kecamatan Makasar menjadi uji coba swadana pada 1 Maret 2001. Puskesmas Unit Swadana merupakan Puskesmas yang diberi wewenang mengelola sendiri penerimaan fungsionalnya untuk keperluan operasional secara langsung dan mengoptimalkan mobilisasi potensi pembiayaan masyarakat dalam rangka meningkatkan mutu pelayanan kesehatan.